位于非洲北部，北到地中海，南到苏丹草原，跨纬度14°N到35°N。撒哈拉沙漠西从大西洋沿岸开始，北部以阿特拉斯山脉和地中海为界，东部直抵红海，南部到达苏丹和尼日尔河河谷交界的萨赫勒——一个半沙漠半草原的过渡区。
撒哈拉沙漠分为几部分：西撒哈拉；中部高原山地（包括位于阿尔及利亚的阿哈加尔高原，位于尼日尔的艾尔高原和位于乍得的提贝斯提高原）；东部是最为荒凉的区域，为特内雷沙漠和利比亚沙漠。撒哈拉沙漠的最高点为位于提贝斯提高原中的库西山，海拔为3415米。
撒哈拉沙漠主要的地形特色包括︰浅而季节性泛滥的盆地和大绿洲洼地，高地多石，山脉陡峭，以及遍布沙滩、沙丘和沙海。沙漠中最高点为3,415仗米(11,204英尺)的库西(Koussi)山顶，位于查德境内的提贝斯提山脉；最低点为海平面下133米(436英尺)，在埃及的盖塔拉洼地(Qattara Depression)。
撒哈拉沙漠约在500万年之前就以气候型沙漠形式出现，即在上新世早期(530万～340万年前)。自从那时起，它就一直经历着干、湿情况的变动。
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